El Instituto surge de la “solicitud pastoral” de la Iglesia, la cual, “consciente de que el matrimonio y la familia constituyen uno de los bienes más preciados de la humanidad”, y de que “la salvación de la persona y de la comunidad humana y cristiana está estrechamente ligada a la condición de la comunidad conyugal”, lo crea para promover la investigación teológica acerca del matrimonio y la familia.

El Instituto Juan Pablo II es de origen Pontificio y se ubica entre aquellas “Facultades, y Universidades Eclesiásticas, es decir, aquellas que se ocupan especialmente de la Revelación cristiana y de las cuestiones relacionadas con la misma y que por tanto están más estrechamente unidas con la propia misión evangelizadora”.

El Instituto está llamado a ser un “Instituto principal”, de investigación sobre matrimonio y familia, al servicio de la Iglesia universal. Es deseo de la Iglesia, que el Instituto mantenga un estrecho vínculo con ella, que se mantenga fiel a la doctrina y sean eficaces impulsores de la cultura cristiana: “En efecto la Iglesia, consciente de su misión salvífica en el mundo, desea tener particularmente vinculados a sí estos centros de instrucción superior y quiere que sean florecientes y eficaces por doquier para que hagan presente y hagan también progresar el auténtico mensaje de Cristo en el campo de la cultura humana”.

La Iglesia pretende que el Instituto tenga una alta eficacia formativa para que sus egresados sean reconocidos en los diversos ambientes laborales e impacten positivamente en la sociedad: “Los alumnos puedan formarse como hombres de auténtico prestigio por su doctrina, preparados para desempeñar las funciones más importantes en la sociedad y atestiguar en el mundo su propia fe”. El influjo del Instituto y sus egresados ayudará “para que en el pueblo de Dios el culto religioso y la rectitud moral vayan al paso con el progreso de la ciencia y de la técnica y para que en la acción pastoral los fieles sean conducidos gradualmente a una vida de fe más pura y más madura”.